上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、

超级大胖子金斯教授（艾迪?墨菲 Eddie Murphy 饰演）虽然学术高明，心地善良，但因为体型问题一直成为大家的笑柄。直到有一天，金斯教授发现自己研制的新药成功了，这种药水能改变小白鼠的DNA，使其体重减轻，似乎金斯教授就要迎来自己的新生活了。 　　金斯教授一直钟情于化学教员的卡洛小姐（贾达?萍

　　在纽约的中央公园里，生活着这样一群无忧无虑的好朋友：狮子亚利克斯、斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及胖河马格洛丽亚。他们的性格开朗活泼，因此每天的生活都过得丰富多彩。直到有一天，一群流浪的企鹅令斑马马蒂产生了一个大胆的念头，那就是逃出动物园，探寻自己的故乡，寻找新世界。于是，没有通知其他朋友，马蒂悄悄上

距离上一部故事的若干年后，维杰一家人已经过上了平静的生活，但是杀人的阴影依旧存在。本地警察局的新任局长对于这桩悬案重启了调查，维杰一家岌岌可危。这次，维杰能否再次守护住他的家人？