与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！

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时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。　　但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见

时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。　　玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。　　但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。　　NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界

时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。

　　日本伊豆群岛中有一个名为六轩岛的岛屿，该岛是富豪右代宫家的私人领土，有关于该岛的流言从未停息。一条游轮正向岛屿驶来，船上乘坐的均为右代宫家族的族人，他们来到六轩岛，是为了参加一年一度的家族会议。岛主右代宫金藏（麦人 配音）因沉迷于黑魔法研究和酗酒身体早已不堪重负，族人们此行正是为了讨论他巨额遗产

过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。

　　位于日本北海道某市的区役所，福祉事务课迎来了三名新人。为了报复不负责任给其申报了超长名字的公务员而进入政府部门的天然呆女孩山神（茅野爱衣 配音）、外表冷漠却温柔贤惠善于倾听以至于成为滔滔不绝的阿婆们倾诉对象的三好沙耶（中原麻衣 配音），以及系出公务员世家全才自信八面玲珑的超阳光青年长谷部丰（铃木