成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　ポケモンリーグでチャンピオンになることをゆめ見る少女・ツボミ。　　ポケモンといっしょに旅に出たいとママにおねがいしているが、なかなかゆるしてもらえない。　　ある日、いよいよがまんできなくなり「ひとりで旅に出てやる！」と決意したツボミは、ポケモンをつかまえに近くの森の中へ。　　そこで出会ったのは…